Ya indicamos en otros artículos la procedencia de este personaje como hijo bastardo de Felipe IV y de María Inés Calderón “La Calderona”.
En este caso resumiremos únicamente la última parte de Juan José de Austria en su aspecto y trayectoria como responsable de una serie de acontecimientos que sucedieron como consecuencia de su afán de querer llegar al poder real, sin incluir sus actividades militares.
A la muerte de Felipe IV, este rey en su testamento quedó instituido que la gobernabilidad del reino, hasta que su hijo cumpliera los catorce años-mayoría de edad de aquel entonces-, quedaría bajo la titularidad de su esposa Mariana de Austria, apoyada por una Junta de Gobierno constituida por importantes personajes de la corte y nobles del reino. De esta manera desaparecería el carácter de valido que en los anteriores reinos se venían mantenido incluso con Felipe IV con el conde duque de Olivares.
Sin embargo, la reina, que a la muerte de su esposo comenzó demostrar un cierto carácter desconocido por el resto, pretendió disponer de un asesor, ante sus dificultades para poder entender las políticas de la nobleza de la que no disponía mucho adiestramiento y eligió a su confesor en el jesuita alemán Juan Everardo Nithard, pero tenía el inconveniente de que no podía intervenir activamente en la Junta de Gobierno, por lo que la reina realizó las gestiones necesarias para los dos serios inconvenientes que tenía: el ser jesuita y no ser español. La reina se encargó de solucionar ambas cosas naturalizando a su confesor y consiguiendo que fuera nombrado arzobispo de Toledo, con lo que la vacante existente en la Junta de Gobierno podía ocuparla el propio Nithard, por estar la plaza vacante, que no recibió muchos apoyos, pero que finalmente llevó la privanza del futuro rey Carlos II.
Por su parte Juan José de Austria no tenía muy buenas relaciones ni con su madre, ni con el valido, por lo que, aunque intentó algún acercamiento finalmente no llegó e intentó conseguir llegar a estar en la Junta de Gobierno. Para conseguirlo comenzó por desprestigiar Nithard desde su refugio del castillo de Consuegra, donde se encontraba confinado, ya que la reina estaba advertida de una conjura de su hijastro y que éste había enviado con fecha 21 de octubre de 1668 una carta a Nithard acusándole de maldad y de traidor, así como amenazas de tomar medidas en el caso de no alejar al valido de la corte.
Se dictó orden de apresamiento y Juan José de Austria huyó de su refugio de Consuegra y se refugió en Aragón, donde disponía de numerosos seguidores y en la navidad se dirigió a la capital con un gran ejército.
La presión obligó a la Junta de Gobierno a admitir la dimisión de Nithard y tuvo su destino como embajador de España en la Santa Sede.
La reina para alejarse de su hijastro decidió nombrarle vicario general de Aragón, pero los problemas no se solucionaron porque existía un pacto entre Francia y Austria para en el caso del fallecimiento prematuro de Carlos II apoderarse en lo posible de grandes territorios en España, por lo que la reina se sintió atosigada de tal manera que decidió buscar un nuevo consejero privado y lo encontró en la persona de un personaje llamado Fernando de Valenzuela que desde la postura de ser de familia humilde había llegado a ser el informador de Nithard, lo que le valió cierto prestigio en la opinión de la reina, al que había realizado distintos favores personales y que fue bien recibido por el pueblo llano ya que facilitó los festejos urbanos y los problemas de abastecimiento de primeros necesidades, aunque se realizaron y difundieron bastantes infundios y calumnias sobre las relaciones entre ambos.
Finalmente en 1675 llegó la mayoría de edad del rey Carlos II.
Por su parte desde Zaragoza, Juan José de Austria había desobedecido una orden de realizar una campaña militar en Messsina, en Italia, y tenía ganada una ventaja, ya que gran parte de los acompañantes en los entornos del rey eran partidarios del hermanastro e influyeron notablemente en el rey, que finalmente terminó por pedir a su hermanastro que regresara para el día de su confirmación como rey de España
La reina, procurando evitar la posible influencia de Juan José de Austria, intentó que su hijo firmara un documento que aceptara prolongar su tutela hasta mejor tiempo, que el rey negó.
No obstante el encuentro entre los dos hermanos se produjo y, como consecuencia de ello, posteriormente se produjo un serio incidente de tipo familiar entre madre e hijo.
Un segundo proceso se produjo cuando por parte de la nobleza se intentó inducir a la reina para que el rey dejara en poder de su madre las decisiones de estado, aunque le exigieron que Fernando Valenzuela abandonara el puesto y no tuvo más remedio que acceder y el valido fue enviado a Granada, pero al poco tiempo, hasta cierto punto estabilizada la situación, regresó otra vez lo que levantó un nuevo revuelo en la corte que produjo un intento de derogar a la reina y a Valenzuela y los nobles acudieron en busca de Juan José de Austria y la posible revolución evolucionó con disturbios y con un plante administrativo, llenándose las calles de propaganda que produjo que Valenzuela para evitar tener que ir a prisión fuera enviado al monasterio de El Escorial. Los nobles, para llenar el vacío indicaron a Carlos II la necesidad de hablar con su hermano a lo que el rey y la reina admitieron, pero los nobles consiguieron retirar de la tutoría de su madre al rey llevándoselo al casón del Buen retiro sin que la reina tuviera oportunidad de hablar con su hijo, y para asegurar la protección dada a Valenzuela, los nobles encabezados por el duque de Alba y el de Medinacelli entraron en el monasterio y capturaron a Valenzuela que fue enviado en primer lugar al castillo de Consuegra y posteriormente a las islas filipinas.
En el Buen Retiro se trasladaron todas las actividades reales y la nobleza consiguió -o mejor, obligó- a que la reina se trasladara a Toledo.
Juan José de Austria desde Zaragoza se dirigió a Madrid y llegó a conseguir 15.000 hombres y llegado a Madrid, Juan José de Austria se convirtió en el asesor de Carlos II, como ministro real.
Durante todo el tiempo que duró el poder, Juan José de Austria intentó conseguir que Carlos II no tuviera relación alguna con su madre y realizó varios viajes con el rey a Zaragoza y a Cataluña.
Aunque como gobernante Juan José de Austria demostró en principio buenas dotes con algunas importantes mejoras sociales, la nobleza no seguía con intenciones de seguir el juego y comenzaron una serie de extraños sucesos que pretendían que el nuevo consejero se notara acosado, lo que produjo una reacción cava vez más estrecha de aislamiento del rey por parte de su asesor que procuró que nadie tuviera conversación con él, para así tenerle más a su mano.
Pero en julio de 1679 don Juan José de Austria cayó enfermo y aunque quiso continuar con sus labores de estado, falleció el 17 de septiembre.
Lo más trascendente es que aunque se le rindieron los honres correspondientes, no hubo una excesiva condolencia ni sentimiento de preocupación por aquellas personas que en algún momento fueron sus mayores aliados, incluida la postura del rey, ya que se trasladó inmediatamente sin acompañar el cuerpo de don Juan a visitar a su madre en Toledo.
Juan José de Austria fue enterrado en al panteón familiar del monasterio de El Escorial, con 50 años de edad.
